第 三 題

「微小 RNA (microRNA, miRNA)」指一類長度約 20~24 個核苷酸的內源性、單股非編碼 RNA。其特徵與作用機制為：透過與目標 mRNA 序列進行鹼基互補結合，引發目標 mRNA 的降解或抑制其轉譯，從而在「轉錄後階段（post-transcriptional level）」負向調控基因的表現。 實務應用：在作物育種上，miRNA 廣泛參與植物生長發育（如開花期、分生組織發育）及抗逆境反應（如抗旱、抗病）。育種家可透過基因工程或基因編輯技術（如 CRISPR/Cas9）調控特定 miRNA 或修飾其標靶位點，以改良農藝性狀，例如：調控水稻的 miR397 以增加穀粒大小與產量。

「全外顯子定序 (Whole Exome Sequencing, WES)」是指利用探針序列捕獲（Target enrichment）技術，將基因體中負責編碼蛋白質的區域（外顯子，Exon）特異性地分離出來，再進行高通量次世代定序的遺傳分析技術。 其特徵與育種優勢包含： (1) 成本效益高：外顯子通常僅佔植物全基因體的 1~2%，但涵蓋了大部分決定表現型的功能性變異。相較於全基因體定序（WGS），WES 大幅降低了定序成本與龐雜非編碼區的數據分析負擔。

「同源異形突變（Homeotic mutation）」指植物體內控制器官身分（Organ identity）的關鍵發育基因（如 MADS-box 家族基因）發生突變，導致某一器官在發育過程中，錯誤地啟動另一種器官的發育程式，進而被另一種器官所取代的現象。 其特徵與育種實務應用包含： (1) 器官錯位與發育轉換：最經典的學理依據為植物花器發育的「ABC模型」，例如當B類或C類基因發生突變時，可能導致雄蕊發育轉變為花瓣，或花瓣發育轉變為萼片。

「SNPs (單核苷酸多型性，Single Nucleotide Polymorphisms)」指基因體 DNA 序列中，單一核苷酸鹼基（A、T、C、G）發生轉換或顛換所造成的遺傳變異。 特徵包含：(1) 分佈最廣泛且數量最龐大的分子標誌；(2) 多為雙交態（Biallelic）且具共顯性遺傳（Codominant）特性；(3) 極度適合高通量自動化分析（如基因晶片、次世代定序）。 實務應用為：大幅提升育種效率，廣泛應用於分子標誌輔助選拔（MAS）、全基因體關聯分析（GWAS）與基因體選拔（GS）。例如在水稻育種中，利用 SNP 晶片能快速且精準地從分離世代中篩選出帶有多重抗病基因的目標純系。

「Somaclonal variation（體細胞變異）」指植物細胞、組織或器官在進行體外組織培養（Tissue culture）過程中，所誘發產生之遺傳性（如染色體數目或結構變異、基因突變）或表觀遺傳性（如DNA甲基化改變）的變異。 其特徵與實務影響包含： (1) 變異誘因：常因培養基成分（如高濃度植物生長調節劑）、組織培養的環境逆境，或繼代培養次數過多與時間過長所引起。