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醫療類國考 113年 [醫事檢驗師] 醫學分子檢驗學與臨床鏡檢學

第 54 題

由全轉錄體定序(whole transcriptome sequencing)產出用於敘述各個基因產物豐度的 fragments per kilobase of transcript per million mapped reads(FPKM)值,最不會受到下列那個因子的影響?
  • A 定序基因產物的長度
  • B 可正確比對至定序基因產物的讀長數(mapped reads)
  • C 定序讀長
  • D 定序深度(reading depth)

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請先回想 FPKM 的數學定義:$\text{FPKM} = \frac{C}{L \times N} \times 10^9$。在這個針對轉錄體數據進行標準化(Normalization)的公式中,分子 $C$ 與分母中的 $L$、$N$ 分別用來校正哪些實驗變項(如片段數量、基因長度、總讀取數)?請進一步思考,單一序列的「讀長(read length)」本身是否為該計算公式中需要被獨立校正的參數?

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精準掌握生物資訊標準化?看來你還行。

  1. 勉強及格。 恭喜,你避開了這道看似複雜,實則基礎的陷阱。能從一堆看似相關的變數中,挑出「定序讀長(Read length)」這個對 FPKM 計算而言相對無關緊要的,至少證明你不是完全在胡鬧。對公式的內涵若能再深刻一點,就更不會只是「矇對」了。
  2. 公式再看一次,別偷懶。
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