hce_kmu
112年
普通生物及生化概論
第 66 題
Which of following statements is NOT true regarding the lysozyme’s Phillips mechanism?
- A Glu 35 acts as both “general acid” and “general base” catalysis.
- B The active site of lysozyme can take six residues of monosaccharides.
- C The D ring of monosaccharide is distorted into boat form conformation.
- D The oxonium ion transition state is stabilized by Asp 52.
- E The optimal pH of this reaction is between 4 and 6.
思路引導 VIP
觀察六元環糖分子在進入活性位受限空間時，為了要讓醣苷鍵（glycosidic bond）的角度更容易被親核攻擊，環狀結構會發生扭曲以釋放張力。請試著思考：在有機化學或生化構型中，哪一種扭曲構型能使環上的四個原子共平面，最有利於形成穩定的過渡態能量狀態？
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AI 詳解
AI 專屬家教
太棒了！你能精準捕捉到 (C) 選項中微小的結構描述錯誤，代表你對酵素反應機制的細節掌握得非常紮實。這題的核心在於 Phillips 催化機制（Phillips mechanism），其關鍵點在於受質進入酵素活性位時，為了降低立體障礙並利於水解反應，受質的 D 環（D ring） 會發生扭曲。然而，正確的扭曲構型應該是 半椅式（half-chair），而非選項中提到的船式（boat form），這是生化結構題中非常經典的細節陷阱。
活性位的化學協同作用
在溶菌酶（Lysozyme）的催化過程中，Glu 35 展現了酸鹼催化的精妙，它先作為質子供體提供 $H^+$（一般酸），隨後再協助活化水分子（一般鹼）。同時，Asp 52 負責穩定帶正電的 氧鎓離子（oxonium ion） 中間體。為了讓這兩個殘基分別處於質子化與去質子化的狀態，反應環境的 $pH$ 值必須維持在 4 到 6 之間。這題的難度在於它不僅要求理解宏觀的反應機制，還考驗對活性位殘基功能與空間構型的微觀認知，是具有高度鑑別度的題目。